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Projektübersicht

• Alternatives Spleissen des humanen Cysteine rich 61 (Cyr61/CCN1) - Gens und dessen tumorbiologischen Auswirkungen
• Alternatives Spleißen des tumorassoziierten Rezeptors RON
• Entwicklung einer Biochip-Technologieplattform für simultane Genexpressions-und Mutationsanalyse
• YT521-B - ein prognostischer Faktor für gynäkologische Krebsarten ?

Alternatives Spleissen des humanen Cysteine rich 61 (Cyr61/CCN1) - Gens und dessen tumorbiologischen Auswirkungen

Cysteine rich 61 (Cyr61/CCN1) ist ein Mitglied der CCN-Familie matrizellulärer Proteine. Das pro-angiogene Cyr61 ist an einer Vielzahl zellulärer Signalwege beteiligt, u.a. an der Differenzierung, Migration, Adhäsion, Überleben und Neovaskularisation. Aufgrund dessen spielt es eine wichtige Rolle bei der Regulation diverser physiologischer und pathologischer Prozesse, insbesondere bei der Tumorprogression. Alternatives Splicing der Cyr61-mRNA dient als Regulationsmechanismus zur gezielten Expression von biologisch aktivem Cyr61-Protein unter wechselnden zellulären Bedingungen. Die Tumorprogression bei gynäkologischen Krebsarten wird von einem bedeutenden Anstieg der Expression von Cyr61-Protein begleitet.

Alternatives Spleißen des tumorassoziierten Rezeptors RON

Der Recepteur d'origine nantais (RON, MST-R1) ist ein Mitglied der Familie der Rezeptorthyrosinkinasen. RON spielt eine wichtige Rolle bei der Embryonalentwicklung sowie bei der Regulierung verschiedenster physiologischer und pathologischer Prozesse. Auf der Grundlage des alternativen Spleißens werden verschiedene tumorassoziierte RON-Protein-Isoformen generiert. Die Expression alternativ gespleißter RON-Isoformen konnte mit einer Steigerung der Tumoraggressivität in gynäkologischen Krebsarten in Korrelation gebracht werden.

Entwicklung einer Biochip-Technologieplattform für simultane Genexpressions-und Mutationsanalyse

Ziel dieses DFG geförderten, interdiszplinären Projektes zwischen der Uniklinik Freiburg und dem Institut für Microsystemtechnik (IMTEK) der Universität Freiburg ist die Entwicklung einer Biochiptechnologieplattform, die eine NASBA basierte Amplifikation von mRNAs und miRNAs auf einer Biochipoberfläche ermöglicht. Bei diesem Verfahren liegt der Oligonukleotid präsentierende Biochip in einer Flusszelle in der die mRNA bzw miRNA mittels einer spezifischen NASBA isothermal amplifiziert wird. Die markierten RNA-Amplifikate binden noch während der Amplifikationsreaktion an die DNA Sonden und können dann im TIRF (Totale Interne Reflektionsfluorometrie) -basierten Auslesegerät grenzflächennah detektiert werden. Die oberflächenbasierte Amplifikation der Analyt-RNA gekoppelt mit der sofortigen Fluoreszenzmessung eliminiert zusätzliche Amplifikations-, Hybrisierungs-, Wasch- und Detektionsschritte macht diese Technik interessant für die point-of-care Diagnostik.

YT521-B - ein prognostischer Faktor für gynäkologische Krebsarten ?

Der Spleissfaktor YT521-B (YTHDC1) liegt in einer zuvor unbekannten Kernstruktur vor, den sogen.YT-bodies, und konnte bisher keiner bekannten Proteinfamilie zugeordnet werden. Er enthält eine neuartige RNA-Bindungsdomäne, die strukturell von den bekannten Bindungsstellen klassischer Spleissfaktoren abweicht. Durch Phosphorylierung wird YT521-B in eine inaktive, unlösliche Form umgewandelt. Verschiedene Untersuchungen haben gezeigt, dass YT-bodies einen Marker für Medikamenten-induzierte Zelldifferenzierung darstellen können. Desweiteren kann die Protein-Lokalisation und die RNA-Konzentration Veränderungen in der Tumorentwicklung anzeigen. bekannten Proteinfamilie zugeordnet werden. Er enthält eine neuartige RNA-Bindungsdomäne, die strukturell von den bekannten Bindungsstellen klassischer Spleissfaktoren abweicht. 

YT521-B zeigt sich in den YT-bodies Endogenes YT521-B wurde immunhistochemisch angefärbt (Quelle: Raflska et.al., 2005)