S. maltophilia Multilocus Sequence Typing Database Sequence Typing Database

Leistungskatalog des Hygiene- und Molekularlabors

• Genotypisierungen ... mehr
• Identifizierung von Antibiotikaresistenzgenen ... mehr
• Bakterienidentifizierung ... mehr
• Resistenztestung gegenüber Antibiotika u.a. Naturstoffen ... mehr
• Prüfung auf Sterilität ... mehr
• Stammsammlung ... mehr
• Angewandte Methoden ... mehr

Genotypisierungen

Staphylococcus aureus (PFGE, spa, MLST/SBT, Arraymate microarrays), Enterococcus faecium (PFGE, MLVA, MLST/SBT),
Escherichia coli (AFLP), Klebsiella spp. (AFLP), Enterobacter spp. (AFLP), Serratia marcescens (AFLP),
Pseudomonas aeruginosa (AFLP, MLVA, MLST/STB), Stenotrophomonas maltophilia (AFLP, MLST/STB), Acinetobacter spp. (AFLP), Legionella pneumophila.(PFEG, AFLP, MLST/SBT)

(PFGE: Pulsfeld-Gelelektrophorese; spa: Staphylococcal Protein A Typing; AFLP: Amplified Fragment Length Polymorphism; MLVA: Multiple Locus Variant Number of Tandem Repeat Analysis, MLST: Multi Locus Sequence Typing; SBT: Sequence based Typing)

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Identifizierung von Antibiotikaresistenzgenen

• Sequenz-basierte Identifizierung von ß-Laktamase-kodierenden Sequenzen: Extended Spektrum beta-Laktamasen (Gruppen TEM, SHV, CTX-M, OXA), Metallo-beta-Laktamasen (Gruppen IMP, VIM, GIM, SPM, SIM), Carbapenemasen (Gruppen NMC, IRS, IMI, KPC, GES) sowie AmpC.
• Gram-positive Resistenzgene: mecA, SCCmec, vanA, vanB, MLS-Gruppe (ErmA, ErmC, msrA)
• Quinolonresistenzgene (gyrA, parC, qnr)

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Bakterienidentifizierung

• Biochemisch (API, VITEK)
• Molekularbiologisch (16S rRNA, cpn60, gyrB, mip bei Legionella spp.)
• Virulenzfaktoren: S. aureus: Panton Valentin Leukozidin; Arraymate microarrays E. coli: Aerobactin iutA und Yersiniabactin fyuA, Kapsel Synthese Genlocus kpsMT II, Invasivfaktor ibeA, Serumresistenzfaktor traT, Adhäsionsfaktoren papA und papG, iron-regulated gene homologue adhesin iha; Bestimmung der phylogenetischen Gruppe.

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Resistenztestung gegenüber Antibiotika u.a. Naturstoffen

• Mikro- oder Makrodilutions-Bouillon-Verfahren (CLSI)
• Agardiffusion (CLSI, DIN), E-Test (auf Anfrage)
• Bakterizidietestung (CLSI)
• Synergismus-Testung (Chekerboard -Methode)

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Prüfung auf Sterilität

• Membranfiltermethode (Ph. Eur.)
• Direktbeschickungsmethode (Ph. Eur.)

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Stammsammlung

Abgabe von charakterisierten (genotypisierten) Stammsammlungen (Staphylococcus aureus, Enterococcus faecium, Escherichia coli, Klebsiella spp., Enterobacter spp., Serratia marcescens, Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia, Acinetobacter spp., Legionella spp.)

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Angewandte Methoden

Typisierungsverfahren sind für folgende Erreger vorhanden:
Staphylococcus aureus, Enterococcus faecium, Escherichia coli, Klebsiella spp., Enterobacter spp., Serratia marcescens, Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia, Acinetobacter spp., Legionella pneumophila.

Verfügbare Typisierungsmethoden sind:
Makrorestriktionsanalyse (PFGE), Amplified fragment length polymorphism (AFLP), Random Amplification of Polymorphic DNA (RAPD), Multiple Locus Variant Numbers of Tandem Repeat Analysis (MLVA), spa Typisierung, Multi Locus Sequence Typing (MLST), Arraymate microarray Untersuchungen.

Identifizierung von Antibiotikaresistenzgenen
Identifizierung von beta-Laktamase-kodierenden DNA-Sequenzen durch Sequenzieren und RT-PCR:

• Extended Spektrum beta-Laktamasen (Gruppen TEM, SHV, CTX-M, OXA)
• Metallo-beta-Laktamasen (Gruppen IMP, VIM, GIM, SPM, SIM)
• Carbapenemasen (Gruppen NMC, IRS, IMI, KPC, GES)
• AmpC beta-Laktamasen (Gruppen MOX, CMY, LAT-4, BIL-1, DHA, ACC, MIR-1T, ACT-1, FOX)
• Quinolonresistenzgene (gyrA, parC, qnr)
• Gram-positive Resistenzgene: mecA, SCCmec, vanA, vanB, MLS-Gruppe (ermA, ermC, msrA)

(Cluster-) Analysen von Typisierungsdaten:
BioNumerics, Mega, Splitstree,
Phylogenetic analysis using Parsimony (PAUP)
Recombination Detection Program
Staden package, Ridom Staphtype

Leistungen werden gegebenenfalls an kompetente Unterauftragnehmer vergeben.