Die Klinik für Innere Medizin I, Schwerpunkt Hämatologie, Onkologie und Stammzelltransplantation, Zentrum für Translationale Zellforschung (ZTZ), sucht für die Arbeitsgruppe Dr. Tobias Wertheimer eine*n
Naturwissenschaftliche*n Doktorand*in mit Schwerpunkt Computational Biology / Bioinformatik / Systems Immunology (m/w/d)
Das Forschungsprojekt beschäftigt sich mit den zellulären und molekularen Mechanismen des Immune Escape bei akuter myeloischer Leukämie (AML). Ziel ist es, mithilfe modernster Single-Cell-, Multi-Omics- und Spatial-Analysen Signalwege und Transkriptionsnetzwerke zu identifizieren, die das Zusammenspiel zwischen Leukämie- und Immunzellen steuern.
Wir bieten Ihnen:
- enge Betreuung durch Dr. Tobias Wertheimer mit einem exzellenten Netzwerk an Kollaborationspartnern
- Einbindung in das Graduiertenkolleg des Sonderforschungsbereich 1479 „OncoEscape“
- Zugang zu High-Performance-Computing-Ressourcen und modernsten Einzelzell-Plattformen
- Forschung in einer renommierten, durch die Deutsche Krebshilfe geförderten Max-Eder-Nachwuchsgruppe
- eine auf vorerst 2 Jahre befristete Anstellung mit attraktiver Vergütung nach TV-L E13 (65%), mit der Option auf Verlängerung
- hervorragende Entwicklungsmöglichkeiten und UKF-Benefits (z.B. JobTicket)
Einblick in Ihre Aufgaben:
- Analyse und Integration von large scale single cell und spatial Datensätzen (CITE-seq, HDcyto, Spatial Transcriptomics, CODEX)
- Anwendung moderner bioinformatischer Methoden, darunter probabilistische und Deep-Learning-basierte Modelle
- Identifikation von Zellkommunikationsnetzwerken und Transkriptionsprogrammen, die Immunflucht fördern
- Zusammenarbeit mit experimentellen Partnern zur biologischen Validierung der Ergebnisse
- Anfertigung einer naturwissenschaftlichen Dissertation im Bereich Computational Immunology
Ihr Profil:
- abgeschlossenes Masterstudium in Bioinformatik, Systembiologie, Computational Biology oder verwandtem Fachgebiet
- sehr gute Kenntnisse in R und/oder Python sowie in Bash/Shell-Scripting; Erfahrung in der Analyse von Einzelzell- oder Omics-Daten von Vorteil
- Erfahrung mit Code-Versionierung (GitHub/GitLab) sowie Grundkenntnisse in Workflow-Management-Systemen (z.B. Snakemake) und High-Performance-Computing-Umgebungen wünschenswert
- Interesse an Immunonkologie, Datenintegration und translationaler Forschung
- Teamfähigkeit, analytisches Denken und gute Englischkenntnisse
Wir freuen uns über Ihre Bewerbung mit allen üblichen Unterlagen über unser Onlineportal.
Universitätsklinikum Freiburg
Klinik für Innere Medizin I
Dr. Tobias Wertheimer
Hugstetter Str. 55, 79106 Freiburg
Fragen? Dann kontaktieren Sie bitte:
tobias.wertheimer@uniklinik-freiburg.de
(bitte keine Bewerbung an diese Mailadresse senden)
