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Institut für Infektionsprävention und Krankenhaushygiene

Arbeitsgruppe Reuter - Mikrobielle Genomanalyse

Gesamtgenomsequenzierung von Krankenhaus-relevanten Erregern

Projekt:

Wir benutzen Gesamtgenomsequenzierung als Tool, um uns anzuschauen, was ein Bakterium ausmacht. Indem wir seinen genetischen Kode auslesen, haben wir die größtmögliche Auflösung, um uns über mögliche Übertragungen auf Krankenhaus-Stationen zu informieren, was uns ermöglich, Ausbrüche zu untersuchen. Weiterhin können wir aus den generierten Daten auch über Antibiotika-Resistenzen lernen. Wir sind in einer Anzahl von Projekten mit internen und externen Kollaborateuren involviert. Eines unserer Hauptaugenmerke liegt auf der Ausbreitung von multiresistenten Gram-negativen Klonen in Krankenhausnetzwerken. Dabei arbeiten wir eng mit Wissenschaftler am Wellcome Trust Sanger Institute, Cambridge, UK, Imperial College London, London, UK, University Medical Center Groningen, Groningen, Niederlande, Charité Berlin, Berlin, Deutschland, und Justus-Liebig-University Hospital, Gießen, Deutschland, zusammen.

Dr. Sandra Reuter

Evolution von Bakterien im Rahmen von Gesundheitssystemen, ihre Anpassungs- und Überlebensstrategien; Gesamtgenomsequenzierung kann uns helfen, evolutionäre Dynamiken über kurze und lange Zeiträume abzubilden und zu verstehen.

  • MiSeq & Expertise in bakterieller Gesamtgenomsequenzierung
  • Computerserver & Bioinformatische Expertise

Name 0761-270
Dr. biol. Hiren Ghosh, Bioinformatik  
Dr. biol. Andrea Groß 82350
Sarah Klassen, MTA 82800
Dr. biol. Sandra Reuter, Leitung 82350
Ivan Dario Acevedo Monterrosa, wiss. Hilfskraft  
05/2016 – present

University Medical Centre Freiburg, Freiburg, Germany Postdoctoral Researcher

01/2015 – 04/2016University of Cambridge, Cambridge, UK Research Associate
12/2011 – 12/2014

Wellcome Trust Sanger Institute, Cambridge, UK Postdoctoral Research Fellow

10/2008 – 09/2011Nottingham Trent University, Nottingham, UK PhD Student
03/2006 – 03/2008Technical University Munich (TUM), Freising, Germany MSc Biology (Microbiology major)
07/2004 – 06/2005Murdoch University, Perth, Australia BSc Molecular Biology and Biomedical
10/2002 – 09/2005Applied University Bonn-Rhein-Sieg, Rheinbach, Germany BSc Biology with Biomedical Sciences

David, S., Reuter, S., Harris, S.R., Glasner, C., Feltwell, T., Argimon, S., Abudahab, K., Goater, R., Giani, T., Errico, G., Aspbury, M., Sjunnebo, S., Feil, E.J., Rossolini, G.M., Aanensen, D.M., and Grundmann, H. (2019): Epidemic of carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae in Europe is driven by nosocomial spread. Nat Microbiol. online

Harrison, E.M., Ba, X., Coll, F., Blane, B., Restif, O., Carvell, H., Köser, C.U., Jamrozy, D., Reuter, S., Lovering, A., Gleadall, N., Bellis, K.L., Uhlemann, A.-C., Lowy, F.D., Massey, R.C., Grilo, I.R., Sobral, R., Larsen, J., Larsen, A.R., Vingsbo Lundberg, C., Parkhill, J., Paterson, G.K., Holden, M.T.G., Peacock, S.J., and Holmes, M.A. (2019): Genomic identification of cryptic susceptibility to penicillins and β-lactamase inhibitors in methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Nat Microbiol. online

Reuter, S., Ludden, C., Judge, K., Gouliouris, T., Blane, B., Coll, F., Naydenova, P., Hunt, M., Tracey, A., Hopkins, K.L., Brown, N.M., Woodford, N., Parkhill, J., and Peacock, S.J. (2017): Sharing of carbapenemase-encoding plasmids between Enterobacteriaceae in UK sewage uncovered by MinION sequencing. MGen, 3 (7): e000114. online

Coll, F., Harrison, E.M., Toleman, M.S., Reuter, S., Raven, K.E., Blane, B., Palmer, B., Kappeler, A.R.M., Brown, N.M., Török, M.E., Parkhill, J., and Peacock, S.J. (2017): Longitudinal genomic surveillance of MRSA in the UK reveals transmission patterns in hospitals and the community. Sci Trans Med, 9 (413): eaak9745. online

Reuter, S., Török, M.E., Holden, M.T.G., Reynolds, R., Raven, K.E., Blane, B., Donker, T., Bentley, S.D., Aanensen, D.M., Grundmann, H., Feil, E.J., Spratt, B.G., Parkhill, J., and Peacock, S.J. (2016): Building a genomic framework for prospective MRSA surveillance in the United Kingdom and the Republic of Ireland. Genome Res, 26 (2): 263 – 270.   pubmed/26672018

Page, A.J., Cummins, C.A., Hunt, M., Wong, V.K., Reuter, S., Holden, M.T.G., Fookes, M., Falush, D., Keane, J.A., and Parkhill, J. (2015): Roary: Rapid large-scale prokaryote pan genome analysis. Bioinformatics, 31 (22): 3691 – 3693.  pubmed/26198102

Reuter, S., Connor, T.R., Barquist, L., Walker, D., Feltwell, T., Harris, S.R., Fookes, M., Hall, M.E., Fuchs, T.M., Corander, J., DuFour, M., Ringwood, T., Savin, C., Bouchier, C., Martin, L., Miettinen, M., Shubin, M., Riehm, J., Laukkanen-Ninios, R., Sihvonen, L.M., Siitonen, A., Skurnik, M., Falcao, J.P., Fukushima, H., Scholz, H.C., Prentice, M.B., Wren, B.W., Parkhill, J., Carniel, E., Achtman, M., McNally, A., and Thomson, N.R. (2014): Parallel independent evolution of pathogenicity within the genus Yersinia. Proc Nat Acad Sci USA, 111(8): 6768 – 73.  Online

Reuter, S., Ellington, M.J., Cartwright, E.J.P., Köser, C.U., Török, M.E., Gouliouris, T., Harris, S.R., Brown, N.M., Holden, M.T.G., Quail, M., Parkhill, J., Smith, G.P., Bentley, S.D., and Peacock, S.J. (2013): Rapid whole genome sequencing to improve diagnostic and public health microbiology. JAMA Int Med, 173 (15): 1397 – 1404. Online

Projektleitung:

Dr. biol. Sandra Reuter

Tel.:  +49 (0) 761 270 82350

 Fax: +49 (0) 761 270 83030

sandra.reuter@uniklinik-freiburg.de

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