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Klinik für Innere Medizin IHämatologie, Onkologie und Stammzelltransplantation

Genomics-Labor AG Pfeifer

Mitarbeiterinnen:

Daniela Kautz, CTA daniela.kautz@uniklinik-freiburg.de
Edith März, Dipl.Biologin edith.maerz@uniklinik-freiburg.de

Das Genomics-Labor der Abteilung Innere Medizin I ist ein akademisches Servicelabor welches Dienstleistungen in folgenden Bereichen erbringt:

  • Array-basierte Transskriptionsuntersuchungen (mRNA, miRNA)
  • Array-basiertes Genomisches Profiling /Copy-Number-Analysen, LOH-Analysen
  • Genomweite SNP-Array-Genotypisierung für Homozygosity-Mapping und Linkage-Analysen
  • Array- und FISH-basiertes diagnostische Untersuchungen von CLL-Tumorzellen
  • Diagnostische Mutations- und Klonalitätsanalyse von IgVH-Genen aus CLL-Tumorzellen
  • FISH-Untersuchungen
  • Copy-Number-Analyse solider Tumoren

 

Unsere Arbeit beruht auf wissenschaftlichen Kooperationen; unser Ziel ist es, gemeinsame Forschungsergebnisse zu publizieren und gemeinsam Drittmittel einzuwerben.

 

In unserem Labor werden mit Hilfe eines Affymetrix GS3000 GeneChip-Systems seit 2004 Transskriptionsuntersuchungen mit Microarrays durchgeführt. Alle auf Cartridge-basierten Arrays der Fa. Affymetrix können analysiert werden. Standarduntersuchungen benötigen ca. 100-500 ng an totaler RNA. Durch die Auswahl eines geeigneten Assays ist es aber auch möglich, chipbasierte transskriptionelle Analysen mit weniger als 100 Zellen durchzuführen.

Im Jahr 2004 etablierten wir in unserer Abteilung die erste Generation von Single-Nucleotide-Polymorphism (SNP)- Arrays mit denen man 10.000 über das Genom verteilte SNPs in einer einzigen Hybridisierung genotypisieren konnte. Mit Hilfe des SNP 6.0 arrays können inzwischen annähernd eine Million dieser bi-allelischen Marker im humanen Genom typisiert werden. Mit den identifizierten Genotypen können z.B.beim sogenannten "Homozygosity Mapping" mutierte Gene in homozygoten Regionen aufgespürt werden. Im Rahmen von 2 sehr aktiven Kooperationen konnten mit Hilfe dieses Ansatzes bereits mehrere Genmutationen gefunden werden die Immundefizienzen zugrunde liegen.

Neben der Verwendung als hochauflösendes Genotypisierungstool bieten diese Arrays auch die Möglichkeit, Zugewinn- bzw. Verlust von genomischer DNA zu messen. Neben den bereits erwähnten polymorphen SNP-Sonden gibt es auf den Arrays auch nicht-polymorphe Sonden, welche keine Genotyp-, sondern nur Kopienzahl-Informationen liefern. In der neuesten Version (CytoScan HD-Array der Fa. Affymetrix) sind über 2 Millionen dieser Sonden gleichmäßig über das Genom verteilt und bieten eine mittlere Auflösung von wenigen Kilobasen. Damit ist es möglich auch sehr kleine Aberrationen zu identifizieren. Die Kombination von Genotyp- und Kopienzahlinformation ermöglicht es zudem sogenannte Loss-of-Heterozygosity-Regionen sichtbar zu machen in denen sich nur homozygote SNPs bei normaler Kopienzahl der DNA befinden.

Intern

  • Arbeitsgruppen der Abteilung Innere Medizin I
  • Prof. M. Prinz, Abt. für Neuropathologie, Universitätsklinik Freiburg
  • Prof. M. Bredel, Abt. für Allg. Neurochirurgie mit Poliklinik, Universitätsklinik Freiburg
  • Prof. C.Haas, Experimentelle Epilepsieforschung, Neurozentrum/ Universitätsklinik Freiburg
  • PD Dr. G. Finkenzeller, Abt.Plast.u.Handchirurgie, Universitätsklinik Freiburg
  • Prof. G. Nikkhah, Abt. Stereotak. Neurochirurgie, Universitätsklinik Freiburg
  • PD Dr. A. Hötzel, Abt. Anaesthesiologie und Intensivtherapie, Universitätsklinik Freiburg
  • Prof. H. Eibel, ZKF, Universitätsklinik Freiburg
  • Prof. U. Walker, Dr. D. Lebrecht, Abt. Rheumatologie und Klinische Immunologie, Universitätsklinik Freiburg
  • PD Dr. W. Schäfer, Endokrinologisches Labor, Universitäts-Frauenklinik
  • Prof. S. Rospert, Institut für Biochemie und Molekularbiologie, Universität Freiburg
  • Dr. B. Spittau, Abt. Molekulare Embryologie, Universität Freiburg
  • Dr. G. Päth, Innere Medizin II, Universitätsklinik Freiburg
  • Prof. B. Passlick, Abt. für Thoraxchirurgie, Universitätsklinik Freiburg
  • Dr. G. Kayser, Institut für Pathologie
  • PD. Dr. Marco Idzko, COPD-Asthma-Research-group (CARG), Department of Pneumology,
    Universitätsklinik Freiburg
  • Prof. Tobias Huber, Innere Medizin IV, Universitätsklinik Freiburg
  • Prof. Leena Bruckner-Tuderman, Dr. Claus-W. Franzke, Universitäts-Hautklinik
  • Dr. R.Schneider, MPI für Immunbiologie und Epigenetik, Freiburg
  • Dr. E.Lamy, Molekulare Zellbiologie, Institut für Umweltmedizin und Krankenhaushygiene,
    Universitätsklinik Freiburg
  • Prof. E. Roussa, Abt. Molekulare Embryologie, Institut für Anatomie und Zellbiologie, Universität Freiburg
  • Dr. Sebastian Arnold, Maus Embryogenese, Abt. Innere Medizin IV, Universitätsklinik Freiburg
  • Dr.Christian Schachtrup, Institut für Anatomie und Zellbiologie, Universität Freiburg
  • Prof. Andreas Diefenbach, Institut für Medizinische Mikrobiologie und Hygiene, Universitätsklinik Freiburg
  • Prof. Philipp Henneke, Dr. Antigoni Triantafyllopoulou, CCI, Universitätsklinik Freiburg
  • PD Dr. Thomas Reinheckel, Institut für Molekulare Medizin und Zellforschung, Universität Freiburg
  • Prof. Hanspeter Pircher, Institut für Medizinische Mikrobiologie und Hygiene, Abt. Immunologie, Universitätsklinik Freiburg
  • PD Dr. Matthias Kirsch, Institut für Anatomie und Zellbiologie, Neuroanatomie, Universität Freiburg
  • Prof. Georg Häcker, Institut für Medizinische Mikrobiologie und Hygiene
  • Dr. Heiko Bugger, Innere Medizin III, Universitätsklinik Freiburg

Extern

  • Prof. C. Klein, Direktor Kinderklinik und Kinderpoliklinik im Dr. von Haunerschen Kinderspital, LMU München
  • Prof. B. Grimbacher, Dept. of Immunology and Molecular Pathology, Royal Free Hospital and University College London, CCI Freiburg
  • Alejandro A. Schäffer, National Center for Biotechnology Information, National Institutes of Health, Department of Health and Human Services, Bethesda, MD,
  • Deutsche Krebshilfe (Projektförderung)
  • Deutsche Krebshilfe (Verbundprojekt "Receptor Signalling in CLL")
  • DFG (Z1-Projekt, Sonderforschungsbereich 850)
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Laborleitung
Dr. rer. nat. Dietmar Pfeifer

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Dietmar Pfeifer

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