Die Klinik für Innere Medizin I, Schwerpunkt Hämatologie, Onkologie und Stammzelltransplantation, Zentrum für Translationale Zellforschung (ZTZ), sucht für die Arbeitsgruppe Dr. Petya Apostolova eine*n
Naturwissenschaftliche*n Doktorand*in mit Schwerpunkt Computational Biology / Bioinformatik / Systems Immunology (m/w/d)
Das Forschungsprojekt beschäftigt sich mit den zellulären und molekularen Mechanismen des Immune Escape bei akuter myeloischer Leukämie (AML). Ziel ist es, mithilfe modernster Metabolom- und Single-Cell-Transkriptomanalysen Signalwege und metabolische Interaktionen zu identifizieren, die das Zusammenspiel zwischen Leukämie- und Immunzellen steuern. Weiterhin sollen bioinformatische Tools zur Analyse von Metabolomics Daten und zur Intergation von Metabolomics und Transcriptomics Daten weiterentwickelt werden.
Wir bieten Ihnen:
- eine Forschungsgruppe mit modernster Technologie und internationalem Umfeld
- strukturiertes Mentoring zur Entwicklung von bioinformatischen Fähigkeiten, insbesondere für die Analyse von Metabolomics und Single-cell-transcriptomics Daten
- Zugang zu High-Performance-Computing-Ressourcen und modernsten Einzelzell-Plattformen
- intensive Betreuung und interdisziplinäre sowie internationale Kooperationen
- Teilnahme an der Graduiertenschule des CRC 1479 "OncoEscape" https://www.sfb1479.uni-freiburg.de/
- ein motiviertes Team und UKF-Benefits (z.B. JobTicket UKF)
Einblick in Ihre Aufgaben:
- Analysen von Daten aus modernen Omics-Technologien (z.B. Metabolomics, Single-cell RNA-Sequenzierung, Spektral-Flow-Zytometrie)
- Anwendung und Weiterentwicklung bioinformatischer Methoden für die Analyse von Metabolomics Daten und ihre Integration mit anderen Modalitäten
- Zusammenarbeit mit klinischen und experimentellen Partnern zur biologischen Validierung der Ergebnisse
- Anfertigung einer naturwissenschaftlichen Dissertation im Bereich Tumor- und Transplantationsimmunologie
Ihr Profil:
- abgeschlossenes Masterstudium in Bioinformatik, Systembiologie, Computational Biology oder verwandtem Fachgebiet
- sehr gute Kenntnisse in R und/oder Python sowie in Bash/Shell-Scripting
- Interesse an Immunonkologie, Metabolismus und Datenintegration
- Interesse an der Zusammenarbeit mit Grundlagenwissenschaftler*innen und Kliniker*innen und an translationaler Forschung
- Erfahrung in der Analyse von Metabolomics Daten von Vorteil
- Erfahrung in der Analyse von Sequencing Daten von Vorteil
- Erfahrung mit Code-Versionierung (GitHub/GitLab) sowie Grundkenntnisse in Workflow-Management-Systemen (z.B. Snakemake) und High-Performance-Computing-Umgebungen wünschenswert
- selbstständige, strukturierte Arbeitsweise und analytisches Denken
- Teamfähigkeit und gute Englischkenntnisse
Die Stelle ist zunächst auf 2 Jahre befristet zu besetzen (TV-L, 65%) mit der Option auf Verlängerung.
Wir freuen uns über Ihre Bewerbung mit allen üblichen Unterlagen über unser Online-Portal.
Universitätsklinikum Freiburg
Klinik für Innere Medizin I
Dr. Petya Apostolova
Hugstetter Str. 55, 79106 Freiburg
Klinik für Innere Medizin I
Dr. Petya Apostolova
Hugstetter Str. 55, 79106 Freiburg
Fragen? Dann kontaktieren Sie bitte:
Dr. Petya Apostolova
petya.apostolova@uniklinik-freiburg.de
(bitte senden Sie keine Bewerbung an diese Mailadresse)
