DEFEAT PANDEMIcs | Universitätsklinikum Freiburg

DEFEAT PANDEMIcs (Pandemien besiegen)

Deutsches Forschungsnetzwerk Autopsien bei Pandemien

Ziel des Projekts DEFEAT-PANDEMICS aus der ersten NUM-Förderphase war der Aufbau eines deutschlandweiten Netzwerks für Obduktionen in Pandemiefällen, um systematisch und strukturiert Daten, Materialien und Erkenntnisse möglichst vollständig, umfassend und zeitnah zu erfassen, zusammenzuführen und den Netzwerkpartnern zur Auswertung zur Verfügung zu stellen. DEFEAT PANDEMIcs lieferte somit einen wertvollen Beitrag zur Bewältigung der COVID-19 Pandemie sowie zur schnellen Reaktion auf künftige Epidemien und Pandemien. Das Projekt wurde von September 2020 bis Ende Dezember 2021 gefördert. Die Projektkoordination übernahmen das Uniklinikum Hamburg-Eppendorf (Prof. Dr. Martin Aepfelbacher) sowie das Uniklinikum Aachen (Prof. Dr. Peter Boor, Ph.D.). Insgesamt waren 28 der 36 NUM-Standorte an dem Netzwerk beteiligt. Im Rahmen von DEFEAT PANDEMIcs bestanden Vernetzungen zu anderen NUM-Projekten NAPKON (Nationales Pandemie Kohorten Netz) und ORGANO-STRAT (Organspezifische Stratifikation bei Covid-19). In der zweiten NUM-Förderphase wird das Forschungsnetzwerk unter dem neuen Projekttitel „Nationales Obduktions-Netzwerk“ (NATON) ausgebaut und fortgeführt. NATON wird dabei sowohl als Forschungsprojekt als auch (seit 2023) als Infrastrukturprojekt gefördert.

Obduktionen sind grundlegend wichtig zum Verständnis von Krankheits- und Todesursachen. DEFEAT PANDEMIcs hat in kurzer Zeit eine Experten-, Service- und Entwicklungsplattform für die vernetzte obduktionsgetriebene Forschung in Deutschland etabliert. Im Rahmen des Projekts wurden „Best Practices“ und Standardarbeitsempfehlungen für COVID-19-Obduktionen und die Entnahme von Biomaterial erarbeitet und mit Expertise bei gewebebasierten Analysen unterstützt. Das Netzwerk DEFEAT PANDEMIcs gliederte sich in drei Themenfelder, deren Bearbeitung in zehn Arbeitspaketen (APs) erfolgte (siehe Schaubild links). Zentrale Datenplattform bildete das bereits bestehende, bundesweite Register von COVID-19 Obduktionen (DeRegCOVID), in welchem alle Informationen der Partner gesammelt und an die Datenplattform des NUM (ehemalige Abkürzung NFN) angeschlossen wurde. Die Datenplattform wurde im Laufe des Projekts weiter ausgebaut und an die neuen Herausforderungen der Pandemie adaptiert. So wurden bspw. Daten zu Impfungen und Virusvarianten gesammelt und die Datensätze aus dem Register der Deutschen Gesellschaft für Neuropathologie und Neuroanatomie, CNS-COVID-19, ergänzt. Im Rahmen von DEFEAT PANDEMIcs wurden zahlreiche Publikationen unter Beteiligung der Wissenschaftler*innen des Netzwerks publiziert, einige davon in den höchstrangigen Journalen der Medizin. Bis Anfang 2022 wurden von den beteiligten Obduktionszentren des Netzwerks über 140 wissenschaftliche Artikel zur Thematik COVID-19 publiziert. Damit hat die umfangreiche Öffentlichkeitsarbeit des Netzwerks das öffentliche Wissen über COVID-19 und Autopsien im Allgemeinen verbessert und sogar zu einer Änderung des Infektionsschutzgesetzes durch das Bundesministerium für Gesundheit (BMG) geführt (Verabschiedung durch den Bundestag im Sommer 2021).

Der Standort Freiburg (Institut für Klinische Pathologie und Institut für Rechtsmedizin) war an den AP 6 „Deutschlandweite Implementierung von Autopsien und Biobanking (Implementierung)“ und AP 7 „Maßnahmen zur Steigerung der zentralen Datenmeldung von Autopsie-Ergebnissen (Datenmeldung)“ beteiligt. In diesem Zuge hat der Standort auch zu DeRegCovid beigetragen. Auf Basis der im Rahmen von DEFEAT PANDEMIcs erhobenen Daten, wurden am Standort Freiburg diverse Forschungsprojekte durchgeführt. Diese umfassten u.a. die Charakterisierung pulmonaler Entzündungsinfiltrate; die Rolle des proteolytischen Signalling in Virusinfektion; die differentielle Proteombiologie der Virusinfektion; Angewandte Technologien wie mRNA in situ Hybridisierung zur Lokalisation und Nachweis von SARS-CoV2 (RNAScope Sonden), Elektronenmikroskopie zum Nachweis (speziell Niere) und multidimensionales Fluoreszenz-basiertes Imaging.

Ausgewählte Publikationen zum Projekt mit Beteiligung des Universitätsklinikums Freiburg

Jonigk D, Werlein C, Acker T, Aepfelbacher M, Amann KU, Baretton G, Barth P, Bohle RM, Büttner A, Büttner R, Dettmeyer R, Eichhorn P, Elezkurtaj S, Esposito I, Evert K, Evert M, Fend F, Gaßler N, Gattenlöhner S, Glatzel M, Göbel H, Gradhand E, Hansen T, Hartmann A, Heinemann A, Heppner FL, Hilsenbeck J, Horst D, Kamp JC, Mall G, Märkl B, Ondruschka B, Pablik J, Pfefferle S, Quaas A, Radbruch H, Röcken C, Rosenwald A, Roth W, Rudelius M, Schirmacher P, Slotta-Huspenina J, Smith K, Sommer L, Stock K, Ströbel P, Strobl S, Titze U, Weirich G, Weis J, Werner M, Wickenhauser C, Wiech T, Wild P, Welte T, Stillfried S v., Boor P. Organ manifestations of COVID-19: what have we learned so far (not only) from autopsies? Virchows Arch. 2022. doi:10.1007/s00428-022-03319-2.

Online-Publikation

Schwabenland M, Salié H, Tanevski J, Killmer S, Lago MS, Schlaak AE, Mayer L, Matschke J, Püschel K, Fitzek A, Ondruschka B, Mei HE, Boettler T, Neumann-Haefelin C, Hofmann M, Breithaupt A, Genc N, Stadelmann C, Saez-Rodriguez J, Bronsert P, Knobeloch KP, Blank T, Thimme R, Glatzel M, Prinz M, Bengsch B. Deep spatial profiling of human COVID-19 brains reveals neuroinflammation with distinct microanatomical microglia-T-cell interactions. Immunity. 2021 Jul 13; 54(7):1594-1610.e11. doi: 10.1016/j.immuni.2021.06.002. Epub 2021 Jun 9. PMID: 34174183; PMCID: PMC8188302.

Online-Publikation

Klatt JN, Dinh TJ, Schilling O, Zengerle R, Schmidt F, Hutzenlaub T, Paust N. Automation of peptide desalting for proteomic liquid chromatography - tandem mass spectrometry by centrifugal microfluidics. Lab Chip. 2021 Jun 1;21(11):2255-2264. DOI:10.1039/D1LC00137J.

Online-Publikation

Fahrner M, Kook L, Fröhlich K, Biniossek ML, Schilling O. A Systematic Evaluation of Semispecific Peptide Search Parameter Enables Identification of Previously Undescribed N-Terminal Peptides and Conserved Proteolytic Processing in Cancer Cell Lines. Proteomes. 2021 May 25;9(2):26. doi: 10.3390/proteomes9020026. PMID: 34070654; PMCID: PMC8162549.

Online-Publikation