Junior AG System-Infektionsbiologie
Unser Team entwickelt rechnergestützte Methoden zur Analyse von Einzelzell-Omics-Datensätzen (RNA-seq, ATAC-seq, räumliche Transkriptomik) im Zusammenhang mit der Infektionsbiologie. Die zunehmende Verfügbarkeit von Einzelzell-Atlanten für verschiedene Arten und Organe ermöglicht die Entdeckung bisher unbekannter Zelltypen in gesundem und krankem Gewebe. Seltene oder vorübergehende Zellpopulationen werden jedoch bei Standardanalyseverfahren oft übersehen, obwohl sie für viele biologische Prozesse, von der Entwicklung bis hin zur Krebs- und Infektionsbiologie, von Bedeutung sind.
Wir entwickeln Tools zur Erkennung und Charakterisierung seltener Zellzustände in verschiedenen Modellen und unter verschiedenen Bedingungen. Durch den Vergleich neuer Daten mit gut annotierten Referenzatlanten wollen wir transkriptomische Identitäten definieren, funktionelle Rollen aufdecken und besser verstehen, wie seltene Zellpopulationen biologische Ergebnisse beeinflussen.
Dr. Gabriele Lubatti
Bioinformatiker
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Motivierte Studierende können sich jederzeit für Master- und Doktorarbeiten bewerben per E-Mail an gabriele.lubatti@uniklinik-freiburg.de.
Ausgewählte Publikationen
- Jitesh Neupane*, Gabriele Lubatti*, Theresa Gross-Thebing, Mayra Luisa Ruiz Tejada Segura, Richard Butler, Sargon Gross-Thebing, Sabine Dietmann, Antonio Scialdone, M Azim Surani (2025). The emergence of human primordial germ cell–like cells in stem cell–derived gastruloids. Science Advances. doi:10.1126/sciadv.ado1350
- Gabriele Lubatti, Marco Stock, Ane Iturbide, Mayra L Ruiz Tejada Segura, Melina Riepl, Richard CV Tyser, Anna Danese, Maria Colomé-Tatché, Fabian J Theis, Shankar Srinivas, Maria-Elena Torres-Padilla, Antonio Scialdone (2023). CIARA: a cluster-independent algorithm for identifying markers of rare cell types from single-cell sequencing data. Development. doi: 10.1242/dev.201264
- Ana Lima*, Gabriele Lubatti*, Jorg Burgstaller, Di Hu, Alistair Green, Aida Di Gregorio, Tamzin Zawadzki, Barbara Pernaute, Elmir Mahammadov, Salvador Perez Montero, Marian Dore, Juan Miguel Sanchez, Sarah Bowling, Margarida Sancho, Mohammed Karimi, David Carling, Nick Jones, Shankar Srinivas, Antonio Scialdone, Tristan A Rodriguez (2021). Cell competition acts as a purifying selection to eliminate cells with mitochondrial defects during early mouse development. Nature Metabolism. doi: 10.1038/s42255-021-00422-7
* Gemeinsame erste Autorenschaft
