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Institut für Virologie

Sektion Klinische Virusgenomik

Arbeitsgebiete

Die Sektion Klinische Virusgenomik unter der Leitung von Prof. Dr. Marcus Panning wurde im Januar 2021 gegründet und beschäftigt sich mit der molekularen Epidemiologie von Viren und deren Evolution auf Wirtsebene. Hierzu verwenden wir u. a. neueste Next Generation-Sequencing (NGS) Technologien.

Am Beispiel von SARS-CoV-2 möchten wir die aktuelle Dynamik der Pandemie und das Auftreten von neuen Virus-Varianten analysieren. Hierzu engagieren wir uns im Rahmen des Netzwerks universitäre Medizin (NUM) und in enger Kooperation mit dem Institut für Infektionsprävention bei der molekularen Surveillance von SARS-CoV-2. Weiterhin möchten wir mit Hilfe von NGS Transmissionsketten im Krankenhaus analysieren und besser verstehen. Dies soll dazu führen, Übertragungsketten frühzeitiger zu erkennen und Risikofaktoren für nosokomiale Übertragungen zu definieren. Perspektivisch sollen diese Arbeiten auch auf weitere Erreger wie Influenzaviren, Rotaviren und andere krankenhausrelevante Virusinfektionen ausgedehnt werden.

Wir stehen in enger Kooperation mit den weiteren virologischen Arbeitsgruppen im Institut, um die Virusevolution sowohl im infizierten Wirt als auch in mittels Zellkultur isolierten Viren eingehender zu analysieren. So konnten wir kürzlich zeigen, dass bei einem SARS-CoV-2 langzeit-infizierten, immunsupprimierten Patienten Varianten selektiert werden, die möglichweise immunevasiv sind. Dadurch könnte eine Evolution des Virus innerhalb eines immun-kompromittierten Patienten zu Virus-Varianten führen, die besser mit dem Immunsystem des Wirts zurechtkommen und die Grundlage für Virus-Varianten mit einem erhöhten pandemischen Potential bilden.

Zukünftig sollen auch Fragen bei der Resistenzentstehung von HSV-1 und HSV-2 Infektionen in Kooperation mit dem Konsiliarlabor für Herpes-simplex-Virus 1/2 und Varizella-Zoster-Virus sowie der AG Ruzsics am Institut bearbeitet werden.

Methoden

  • Next Generation Sequencing (Illumina/Minion)
  • Konventionelle Sanger-Sequenzierungen
  • Detektion von SNPs mittels real-time PCR/molekulare Typisierungen
  • Konventionelle PCR und real-time PCR-Verfahren
  • Klinisch-virologische Verfahren (Serologie, Zellkultur)

Mitarbeitende

Dr. Jonas Fuchs, Postdoc

Dr. Zsolt Ruzsics (AG Ruzsics)

Lisa Kern, MSc

Lena Jaki, MSc

 

Kooperationen

  • Prof. Hajo Grundmann, Institut für Infektionsprävention und Krankenhaushygiene, Freiburg
  • Prof. Hartmut Hengel, Konsiliarlabor für Herpes-simplex-Virus 1/2 und Varizella-Zoster-Virus, und Dr. Zsolt Ruzsics, Institut für Virologie, Freiburg
  • Prof. Martin Schwemmle und Prof. Georg Kochs, Institut für Virologie, Freiburg
  • Dr. Roland Elling, Pädiatrische Infektiologie, Freiburg
  • Dr. Wolfgang Maier und Dr. Björn Grüning, Galaxy Europe, Standort Freiburg
  • Prof. Adrian Egli, Klinische Mikrobiologie, Unispital Basel, Schweiz
  • Dr. Sindy Böttcher und Dr. Sandra Niendorf, RKI, Berlin

Ausgewählte Publikationen

1.            Miladi M, Fuchs J, Maier W, Weigang S, Pedrosa NDi, Weiss L, et al. The landscape of SARS-CoV-2 RNA modifications. bioRxiv. 2020:2020.07.18.204362.

2.            Niendorf S, Ebner W, Marques AM, Bierbaum S, Babikir R, Huzly D, et al. Rotavirus outbreak among adults in a university hospital in Germany. J Clin Virol. 2020;129:104532.

3.            Midgley SE, Benschop K, Dyrdak R, Mirand A, Bailly JL, Bierbaum S, et al. Co-circulation of multiple enterovirus D68 subclades, including a novel B3 cluster, across Europe in a season of expected low prevalence, 2019/20. Euro Surveill. 2020;25(2).

4.            Elling R, Bottcher S, du Bois F, Muller A, Prifert C, Weissbrich B, et al. Epidemiology of Human Parechovirus Type 3 Upsurge in 2 Hospitals, Freiburg, Germany, 2018. Emerg Infect Dis. 2019;25(7):1384-8.

5.            Prinz M, Fuchs J, Ehrmann S, Scherer-Lorenzen M, Kochs G, Panning M. Molecular identification of novel phlebovirus sequences in European ticks. Ticks Tick Borne Dis. 2017;8(5):795-8.

6.            Graul S, Bottcher S, Eibach D, Krumkamp R, Kasmaier J, Adu-Sarkodie Y, et al. High diversity of human parechovirus including novel types in stool samples from Ghanaian children. J Clin Virol. 2017;96:116-9.

7.            Guzman-Herrador BR, Panning M, Stene-Johansen K, Borgen K, Einoder-Moreno M, Huzly D, et al. Importance of molecular typing in confirmation of the source of a national hepatitis A virus outbreak in Norway and the detection of a related cluster in Germany. Arch Virol. 2015;160(11):2823-6.

8.            Falcone V, Bierbaum S, Kern W, Kontny U, Bertz H, Huzly D, et al. Influenza virus A(H1N1)pdm09 hemagglutinin polymorphism and associated disease in southern Germany during the 2010/11 influenza season. Arch Virol. 2013;158(6):1297-303.

 

Förderung

  • Netzwerk Universitätsmedizin, B-FAST, BMBF
  • COVID-19: Vergleich klinischer, virologischer und immunologischer Merkmale in einer SARS-CoV-2-Patientenkohorte und einem neu etablierten Mausmodell, Fkz. 01KI2077, BMBF
  • DFG WA 1597/7-1/PA 2274/4-1 (in Kooperation mit Prof. Warnatz, CCI)

 

 

 

 

 

 

Ärztlicher Direktor

Prof. Dr. med. Hartmut Hengel
hartmut.hengel@uniklinik-freiburg.de

Sekretariat: Kristina Gendrisch         
Telefon: 0761 203-6534
Telefax: 0761 203-6626
E-Mail: kristina.gendrisch@uniklinik-freiburg.de

Administration: Gudrun Simpson
Telefon: 0761 203-6511
Telefax: 0761 203-6562
E-Mail: gudrun.simpson@uniklinik-freiburg.de

Pforte: Jutta Schneeberger
Telefon: 0761 203-6510
Telefax: 0761 203-6562
E-Mail: jutta.schneeberger@uniklinik-freiburg.de