- 2021 Förderpreis für Allergieforschung 2021 der Deutschen Stiftung für Allergieforschung (Kanert Preis) für das Projekt „Verlust der Resistenz gegen Kontaktallergie in jungen, TLR2/4-defizienten Mäusen durch Fütterung einer fettreichen Diät“. Borstel, 24.4.2021
- 2012 Forschungspreis 2012 "Ersatz- und Ergänzungsmethoden zum Tierversuch" des Ministeriums für Ländlichen Raum und Verbraucherschutz Baden-Württemberg zusammen mit L. Dietz, P.R. Esser, H.-J. Thierse für die Arbeit: Dietz, L.*, P.R. Esser*, S. Schmucker*, I. Goette, A. Richter, M. Schnoelzer, S.F. Martin*, H.J. Thierse*. 2010. Tracking human contact allergens: From mass spectrometric validated chemical-peptide interactions to chemical-specific naïve human T cell priming. Toxicol. Sci. 117:336-347. (*equal contribution, joint senior authors Martin/Thierse). Stuttgart, 8.10.2012.
- 2009 Paul Langerhans Preis der Arbeitsgemeinschaft Dermatologische Forschung (ADF) in Zusammenarbeit mit der Deutschen Dermatologischen Gesellschaft (DDG), Heidelberg, März 2009 für die Arbeiten zum Kontaktekzem und der Gewebe-spezifischen T-Zellwanderung
- 2006 Sebastian-Kneipp-Preis für die Arbeit „Untersuchungen zur entzündungshemmenden und kontaktallergenen Wirkung von Arnica montana L. und insbesondere darin enthaltenen Sesquiterpenlactonen“; Bad Wörishofen, November 2006
- 2003 Förderpreis für Ekzemforschung im Rahmen des „Forschungspreis Immunmodulation“ der Fujisawa Deutschland GmbH für die Arbeiten zur „Haptenerkennung durch T-Zellen und Hapten-induziertes Kontaktekzem“; Berlin, Mai 2003
- 1994 Otto-Hahn-Medaille der Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e. V. (MPG) für die Dissertation „Untersuchungen zur T-Zell-Immunität gegen synthetische Determinanten“; Göttingen, Juni 1994
- 1994 EFIS Immunology Letters Prize für die beste Publikation 1993: „Intracellular processing of hapten-modified protein for MHC class I presentation: cytoplasmic delivery by pH-sensitive liposomes” von Martin S. et al.; Barcelona, Juni 1994