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FREEZE-Biobank – Zentrum für Biobanking

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Informationen für Forscher*innen
Informationen für Forscher*innen

Inhalt

Leistungsverzeichnis

Labor-Leistungen

  • Bereitstellung von Bioproben und Daten, welche von der anfordernden Person zuvor in die FREEZE-Biobank eingebracht wurden
  • Bereitstellung von Bioproben und Daten, ohne dass diese von der anfordernden Person zuvor selbst in die FREEZE-Biobank eingebracht wurden
  • Prozessierung von Bioproben gemäß Tabelle 1 in den Räumlichkeiten der FREEZE-Biobank
  • Lagerung von Bioproben in den Räumlichkeiten der FREEZE-Biobank
  • Schulung zur Bioprobenverarbeitung nach den Vorgaben der FREEZE-Biobank
  • Anbindung von historischen Probensammlungen an die FREEZE-Biobank (detaillierte Beschreibung in § 6 und § 7 der Nutzungsordnung)

  • Tabelle 1: Angebotene Probenarten:

    Stammprobe Probenart Volumen / Konzentration Langzeit-Lagerung
    Vollblut (ohne Antikoagulanz) Serum 0.5 ml < -175°C
    Vollblut (EDTA, Citrat, Heparin) Plasma 0.5 ml < -175°C
    Vollblut 0,5 - 1ml  -80°C
    Buffy Coat 0.5 ml  -80°C
    PBMCs (Peripheral Blood Mononuclear Cells) 1 ml, 9-17 x 106/ml < -175°C
    Knochenmark (EDTA, Heparin) BMMCs (Bone Marrow Mononuclear Cells) 1 ml, 9-17 x 106/ml < -175°C
    Knochenmark 1 ml  
    Urin Urin-Überstand 1.5 ml  -80°C
    Urin-Sediment 0.5 ml  -80°C
    Stuhl (stabilisiert) Stuhl (stabilisiert) 1.5 ml  -80°C
    RNA-stabilisiertes Vollblut (PAXgene™) RNA-stabilisiertes Vollblut (PAXgene™) Originalröhrchen  -80°C
    Galle Voll-Galle 1.5 ml  -80°C
    Galle-Überstand 1.5 ml  -80°C
    Galle-Sediment 0.5 ml  -80°C
    Milz SMC (Spleen Mononuclear Cells) 1 ml, 17-25 x 106/ml < -175°C
    Speichel Speichel Originalröhrchen  -80°C
IT-Leistungen

  • Betrieb und Administration des zentralen Biobank-Informations-Management-Systems (BIMS) CentraXX
  • Bereitstellung von CentraXX für die Hubs
  • Benutzer*innenschulung CentraXX
  • Einrichtung von Organisationseinheiten
  • Anbindung von CentraXX an das Datenintegrationszentrum (Einrichtungsphase 07/22)
Einwilligungs- und Qualitätsmanagement

  • Beratung zum Einwilligungsmanagement
  • Management und Dokumentation der FREEZE-Patient*innen und –Proband*inneneinwilligungserklärungen
  • Bereitstellung von Infprmationen über den Einwilligungsstatus von Patient*innen und Proband*innen
  • Umsetzung des Widerrufsrechts und anderer Einwilligungs-bezogener Patient*innen- und Proband*innen-Rechte
  • Beratung zur Erstellung von QM-Dokumenten (Verfahrensanweisungen, Arbeitsanweisungen, Formulare) zu Biobanking-Prozessen nach den Vorgaben der FREEZE-Biobank
Ethik-Kommission, Datenschutz und Drittmittelanträge

  • Beratung bei Anträgen an die Ethik-Kommission, insbesondere in Bezug auf Patient*innen-/Proband*inneninformation und –einwilligungserklärung
  • Beratung zum Datenschutz
  • Beratung zur Beantragung von Biobanking-Leistungen im Kontext von Forschungsanträgen an Drittmittelgeber
  • Beratung und Vorbereitungen zur Beantragung und Einrichtung eines FREEZE-Hubs

Proben-Anfrage

Wie kann ich Bioproben aus der FREEZE-Biobank anfordern?

  1. Kontakt aufnehmen 
    Um Bioproben aus der FREEZE-Biobank für Ihre Forschung anzufordern, nutzen Sie bitte den Anforderungsschein für Bioproben aus der FREEZE-Biobank (English Version here). Den vollständig ausgefüllten und unterschriebenen Anforderungsschein senden Sie bitte per E-Mail an das FREEZE-Koordinationsteam. Besonderes Augenmerk wird auf das Vorliegen eines positiven Votums der für das Forschungsprojekt zuständigen Ethik-Kommission gelegt.
  2. Überprüfung
    Unser Koordinationsteam wird Ihre Anfrage überprüfen. Dazu werden die folgenden Punkte betrachtet:
    • Vorliegen der Proben in der gewünschten Qualität und Quantität
    • Überprüfung der Einwilligung
    • Koordination der Probenfreigabe durch das zuständige Wissenschaftliche Vergabekomitee
  3. Rückmeldung & Versand
    Wir melden uns bei Ihnen zum nächstmöglichen Zeitpunkt für Rückfragen oder direkt zur Vereinbarung eines Termins zur Übergabe oder zum Versand der Bioproben.

 

Infografik - Anforderungsschein Bioproben FREEZE-Biobank

 

 

 

 

Projekt-Anfrage

Wie kann ich mit der FREEZE-Biobank eine Bioprobensammlung aufbauen?

  1. Kontaktaufnahme 
    Um in Zusammenarbeit mit der FREEZE-Biobank eine Kohorte oder eine Probensammlung für eine Studie aufzubauen, nutzen Sie bitte den Antrag Kohortenaufbau-Studien FREEZE-Biobank. Den vollständig ausgefüllten und unterschriebenen Antrag senden Sie bitte per E-Mail an das FREEZE-Koordinationsteam.
  2. Überprüfung und Projektbesprechung
    Unser Koordinationsteam wird Ihre Anfrage überprüfen und zum nächstmöglichen Zeitpunkt Kontakt mit Ihnen aufnehmen, um in einer oder mehreren Projektbesprechungen weitere Details zu klären. Hierbei werden folgende Themen beleuchtet:
    • Sammelstrategie
    • Probentransport
    • Verarbeitungsprotokolle
    • Besonderheiten bei der Dokumentation
    • Einwilligungsmanagement
    • ggf. Ethikantrag (beratend)
    • Finanzierung
  3. Bereitstellung der Projektdokumente  
    Auf Basis der Projektbesprechungen wird das FREEZE-Koordinationsteam die Projektdokumente zusammenstellen und mit Ihnen final abstimmen:
    • Projektplan
    • Kostenkalkulation
    • Nutzungsvertrag
  4. Projektstart
    Sie können mit der Einsendung der Bioproben beginnen.
  5. Rückmeldung
    Nach einer individuell festzulegenden Pilotphase erfolgt eine Rückmeldung durch das FREEZE-Koordinationsteam, ggf. gefolgt von Anpassungen

 

Infografik - Aufbau von Kohorten/Studien mit Bioprobensammlung

 

 

 

 

Mitglied in der GBA

Im Netzwerk die Forschung stärken

Der German Biobank Node (GBN) ist der Dachverband der universitären Biobanken in Deutschland. Unter der Leitung von GBN haben sich 2017 elf Biobankstandorte und zwei IT-Entwicklungszentren in der German Biobank Alliance (GBA) zusammengeschlossen. Sieben weitere Biobankstandorte folgten 2019 und zwei im Jahr 2020. Gemeinsames Ziel ist es, Bioproben und zugehörige Daten für die (inter)nationale biomedizinische Forschung verfügbar zu machen. Dafür harmonisieren die Partner-Biobanken ihr Qualitätsmanagement und vernetzen sich über eine IT-Infrastruktur. Die FREEZE-Biobank ist Partner in diesem Bündnis.

GBN vertritt die Interessen der deutschen Biobanken innerhalb der europäischen Forschungsinfrastruktur BBMRI-ERIC, die sich auf die Vernetzung und den Erfahrungsaustausch von Biobanken innerhalb Europas konzentriert.

Sample Locator GBN

Der Sample Locator ist ein zentrales Tool von GBN/GBA, das entwickelt wurde, um ForscherInnen den Zugang zu Bioproben und den zugehörigen Daten zu erleichtern und um damit Biobanken zu höheren Nutzungsraten zu verhelfen.

German Biobank Directory

Das German Biobank Directory dient wie der Sample Locator dazu, ForscherInnen den Zugang zu Bioproben und den zugehörigen Daten zu erleichtern und um damit Biobanken zu höheren Nutzungsraten zu verhelfen.

Projektauswahl

NAPKON

Das Nationale Pandemie Kohorten Netz (NAPKON) schafft gemeinsam mit weiteren Komponenten des Netzwerks Universitätsmedizin (NUM) grundlegende Infrastrukturen für das erfolgreiche Verständnis und damit für die Bekämpfung von Pandemien am Beispiel der Coronavirus-Krankheit-2019 (COVID-19)

COV-IM

COVIM adressiert die folgenden Fragen: „Wer ist wodurch und wie lange vor einer SARS-CoV-2 Infektion immunologisch geschützt?“ und „Wie kann immunologischer Schutz von wenigen immunen Personen auf viele nicht-immune Personen übertragen werden?“

DKTK

Neue, vielversprechende Ergebnisse aus der Krebsforschung sollen möglichst schnell in die klinische Entwicklung und Anwendung gelangen.

ABIDE MI

Die Medizininformatik-Initiative schafft die Voraussetzungen dafür, dass Forschung und Versorgung näher zusammenrücken.

NUM

Die FREEZE-Biobank und insbesondere der FREEZE-Liquid Hub im ZTZ sind derzeit die unterstützende Einheit für das Biobanking in den NUM-Projekten am Standort Freiburg. Hier werden die Bioproben der Freiburger NUM-Projekte nach den entsprechenden Standards verarbeitet, dokumentiert und eingelagert sowie auf Anfrage zur Unterstützung von Forschungsprojekten im NUM-Kontext herausgegeben.

Publikationen

mit FREEZE-Beteiligung

Publikationsauswahl 2022

Circulating Tumor DNA Profiling for Detection, Risk Stratification, and Classification of Brain Lymphomas
Mutter JA, Alig SK, Esfahani MS, Lauer EM, Mitschke J, Kurtz DM, Kühn J, Bleul S, Olsen M, Liu CL, Jin MC, Macaulay CW, Neidert N, Volk T, Eisenblaetter M, Rauer S, Heiland DH, Finke J, Duyster J, Wehrle J, Prinz M, Illerhaus G, Reinacher PC, Schorb E, Diehn M, Alizadeh AA, Scherer F. Circulating Tumor DNA Profiling for Detection, Risk Stratification, and Classification of Brain Lymphomas. J Clin Oncol. 2022 Dec 21:JCO2200826. doi: 10.1200/JCO.22.00826. Epub ahead of print. PMID: 36542815.

Potent high-avidity neutralizing antibodies and T cell responses after COVID-19 vaccination in individuals with B cell lymphoma and multiple myeloma
Keppler-Hafkemeyer A, Greil C, Wratil PR, Shoumariyeh K, Stern M, Hafkemeyer A, Ashok D, Hollaus A, Lupoli G, Priller A, Bischof ML, Ihorst G, Engelhardt M, Marks R, Finke J, Bertrand H, Dächert C, Muenchhoff M, Badell I, Emmerich F, Halder H, Spaeth PM, Knolle PA, Protzer U, von Bergwelt-Baildon M, Duyster J, Hartmann TN, Moosmann A, Keppler OT. Potent high-avidity neutralizing antibodies and T cell responses after COVID-19 vaccination in individuals with B cell lymphoma and multiple myeloma. Nat Cancer. 2023 Jan;4(1):81-95. doi: 10.1038/s43018-022-00502-x. Epub 2022 Dec 21. PMID: 36543907; PMCID: PMC9886553.

Long COVID symptoms in exposed and infected children, adolescents and their parents one year after SARS-CoV-2 infection: A prospective observational cohort study
Haddad A, Janda A, Renk H, Stich M, Frieh P, Kaier K, Lohrmann F, Nieters A, Willems A, Huzly D, Dulovic A, Schneiderhan-Marra N, Jacobsen EM, Fabricius D, Zernickel M, Stamminger T, Bode SFN, Himpel T, Remppis J, Engel C, Peter A, Ganzenmueller T, Hoffmann GF, Haase B, Kräusslich HG, Müller B, Franz AR, Debatin KM, Tönshoff B, Henneke P, Elling R. Long COVID symptoms in exposed and infected children, adolescents and their parents one year after SARS-CoV-2 infection: A prospective observational cohort study. EBioMedicine. 2022 Oct;84:104245. doi: 10.1016/j.ebiom.2022.104245. Epub 2022 Sep 22. PMID: 36155957; PMCID: PMC9495281.

SARS-CoV-2-specific T-cell epitope repertoire in convalescent and mRNA-vaccinated individuals
Lang-Meli J, Luxenburger H, Wild K, Karl V, Oberhardt V, Salimi Alizei E, Graeser A, Reinscheid M, Roehlen N, Reeg DB, Giese S, Ciminski K, Götz V, August D, Rieg S, Waller CF, Wengenmayer T, Staudacher D, Huzly D, Bengsch B, Kochs G, Schwemmle M, Emmerich F, Boettler T, Thimme R, Hofmann M, Neumann-Haefelin C. SARS-CoV-2-specific T-cell epitope repertoire in convalescent and mRNA-vaccinated individuals. Nat Microbiol. 2022 May;7(5):675-679. doi: 10.1038/s41564-022-01106-y. Epub 2022 Apr 28. PMID: 35484232; PMCID: PMC9064790.

​​​​​​​COVID-19 mRNA booster vaccine induces transient CD8+ T effector cell responses while conserving the memory pool for subsequent reactivation​​​​​​​
Reinscheid M, Luxenburger H, Karl V, Graeser A, Giese S, Ciminski K, Reeg DB, Oberhardt V, Roehlen N, Lang-Meli J, Heim K, Gross N, Baum C, Rieg S, Speer C, Emmerich F, Breisinger S, Steinmann D, Bengsch B, Boettler T, Kochs G, Schwemmle M, Thimme R, Neumann-Haefelin C, Hofmann M. COVID-19 mRNA booster vaccine induces transient CD8+ T effector cell responses while conserving the memory pool for subsequent reactivation. Nat Commun. 2022 Aug 8;13(1):4631. doi: 10.1038/s41467-022-32324-x. PMID: 35941157; PMCID: PMC9358914.

Publikationsauswahl 2021

The expansion of human T-bet high CD21 low B cells is T cell dependent
Keller B, Strohmeier V, Harder I, Unger S, Payne KJ, Andrieux G, Boerries M, Felixberger PT, Landry JJM, Nieters A, Rensing-Ehl A, Salzer U, Frede N, Usadel S, Elling R, Speckmann C, Hainmann I, Ralph E, Gilmour K, Wentink MWJ, van der Burg M, Kuehn HS, Rosenzweig SD, Kölsch U, von Bernuth H, Kaiser-Labusch P, Gothe F, Hambleton S, Vlagea AD, Garcia Garcia A, Alsina L, Markelj G, Avcin T, Vasconcelos J, Guedes M, Ding JY, Ku CL, Shadur B, Avery DT, Venhoff N, Thiel J, Becker H, Erazo-Borrás L, Trujillo-Vargas CM, Franco JL, Fieschi C, Okada S, Gray PE, Uzel G, Casanova JL, Fliegauf M, Grimbacher B, Eibel H, Ehl S, Voll RE, Rizzi M, Stepensky P, Benes V, Ma CS, Bossen C, Tangye SG, Warnatz K. The expansion of human T-bethighCD21low B cells is T cell dependent. Sci Immunol. 2021 Oct 15;6(64):eabh0891. doi: 10.1126/sciimmunol.abh0891. Epub 2021 Oct 8. PMID: 34623902.

A distinct CD38+CD45RA+ population of CD4+, CD8+, and double-negative T cells is controlled by FAS
Maccari ME, Fuchs S, Kury P, Andrieux G, Völkl S, Bengsch B, Lorenz MR, Heeg M, Rohr J, Jägle S, Castro CN, Groß M, Warthorst U, König C, Fuchs I, Speckmann C, Thalhammer J, Kapp FG, Seidel MG, Dückers G, Schönberger S, Schütz C, Führer M, Kobbe R, Holzinger D, Klemann C, Smisek P, Owens S, Horneff G, Kolb R, Naumann-Bartsch N, Miano M, Staniek J, Rizzi M, Kalina T, Schneider P, Erxleben A, Backofen R, Ekici A, Niemeyer CM, Warnatz K, Grimbacher B, Eibel H, Mackensen A, Frei AP, Schwarz K, Boerries M, Ehl S, Rensing-Ehl A. A distinct CD38+CD45RA+ population of CD4+, CD8+, and double-negative T cells is controlled by FAS. J Exp Med. 2021 Feb 1;218(2):e20192191. doi: 10.1084/jem.20192191. PMID: 33170215; PMCID: PMC7658692.

Characterization of pre-existing and induced SARS-CoV-2-specific CD8 + T cells
Schulien I, Kemming J, Oberhardt V, Wild K, Seidel LM, Killmer S, Sagar, Daul F, Salvat Lago M, Decker A, Luxenburger H, Binder B, Bettinger D, Sogukpinar O, Rieg S, Panning M, Huzly D, Schwemmle M, Kochs G, Waller CF, Nieters A, Duerschmied D, Emmerich F, Mei HE, Schulz AR, Llewellyn-Lacey S, Price DA, Boettler T, Bengsch B, Thimme R, Hofmann M, Neumann-Haefelin C. Characterization of pre-existing and induced SARS-CoV-2-specific CD8+ T cells. Nat Med. 2021 Jan;27(1):78-85. doi: 10.1038/s41591-020-01143-2. Epub 2020 Nov 12. PMID: 33184509.

Anti-platelet factor 4 antibodies causing VITT do not cross-react with SARS-CoV-2 spike protein
Greinacher A, Selleng K, Mayerle J, Palankar R, Wesche J, Reiche S, Aebischer A, Warkentin TE, Muenchhoff M, Hellmuth JC, Keppler OT, Duerschmied D, Lother A, Rieg S, Gawaz MP, Mueller KAL, Scheer CS, Napp M, Hahnenkamp K, Lucchese G, Vogelgesang A, Flöel A, Lovreglio P, Stufano A, Marschalek R, Thiele T; Immune-Response in COVID-19 Vaccination Study Group. Anti-platelet factor 4 antibodies causing VITT do not cross-react with SARS-CoV-2 spike protein. Blood. 2021 Oct 7;138(14):1269-1277. doi: 10.1182/blood.2021012938. PMID: 34280256; PMCID: PMC8294553.

Robust and durable serological response following pediatric SARS-CoV-2 infection
Renk H, Dulovic A, Seidel A, Becker M, Fabricius D, Zernickel M, Junker D, Groß R, Müller J, Hilger A, Bode SFN, Fritsch L, Frieh P, Haddad A, Görne T, Remppis J, Ganzemueller T, Dietz A, Huzly D, Hengel H, Kaier K, Weber S, Jacobsen EM, Kaiser PD, Traenkle B, Rothbauer U, Stich M, Tönshoff B, Hoffmann GF, Müller B, Ludwig C, Jahrsdörfer B, Schrezenmeier H, Peter A, Hörber S, Iftner T, Münch J, Stamminger T, Groß HJ, Wolkewitz M, Engel C, Liu W, Rizzi M, Hahn BH, Henneke P, Franz AR, Debatin KM, Schneiderhan-Marra N, Janda A, Elling R. Robust and durable serological response following pediatric SARS-CoV-2 infection. Nat Commun. 2022 Jan 10;13(1):128. doi: 10.1038/s41467-021-27595-9. PMID: 35013206; PMCID: PMC8748910.