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Proteomik Plattform – Core Facility (ProtCF)

Die Proteomik Plattform - Core Facility (ProtCF) ist entstanden im Jahr 2020 aus einer gemeinsamen Initiative des Instituts für Klinische Pathologie (IKP) und des Instituts für Molekulare Medizin und Zellforschung (IMMZ) der Medizinischen Fakultät der Universität Freiburg. ProtCF wird geleitet von Prof. Dr. Oliver Schilling, Heisenberg Professor für Translationale Proteomik am Institut für Klinische Pathologie.

Die Proteomik Plattform – Core Facility (ProtCF) freut sich auf neue Projekte aus der Medizinischen Fakultät der Universität Freiburg, weiteren Fakultäten der Universität Freiburg und externen Projektpartnerschaften. Das Ziel der ProtCF ist es, einen niederschwelligen Zugang zu modernen Ansätzen der Proteomik zu ermöglichen. Daher bietet die ProtCF nicht nur die reine „Mess-Dienstleistung“ unter Verwendung neuester Methoden der Massenspektrometrie an, sondern betreut und übernimmt auf Wunsch das experimentelle Design, Probenvorbereitung, Messung, Datenanalyse, Biostatistik und Dateninterpretation für Sie.

 

News: The Proteomics CF is happy to support a COST Proteocure" training school on proteomics.

Date: Sep 16, noon - Sep 20th noon 2024

 

 

Die Proteomik Plattform - Core Facility (ProtCF) ist erreichbar unter
pat.proteomics@uniklinik-freiburg.de

Das gängige Serviceangebot umfasst:

  • Gel-freie Proteomanalyse unter Verwendung von Data independent acquisition (DIA) oder Data dependent acquisition (DDA).
  • Co-IP- Analyse unter Verwendung labelfreier als auch labelbasierter Quantifizierung (z.B. SILAC).
  • Quantitative Proteomvergleiche unter Verwendung labelfreier als auch labelbasierter Quantifizierung (z.B. TMT).
  • Identifizierung und Lokalisierung von posttranslationalen Modifikationen.
  • Identifizierung von Proteaseschnittstellen mittels N-Terminomik.
  • Identifizierung von Proteinen aus Gelbanden oder –spots.
  • Gezielte Identifikation und Quantifizierung bestimmter Proteine in komplexen Proben mittels „targeted Proteomics“.
  • Proteomanalyse unterschiedlichster Proben, z.B. aus in vitro Systemen (z. B. Zellkultur) und aus in vivo Systemen (Gewebe aus Tiermodellen, Patientenproben (Frischgewebe, Urin, Serum, Liquor), kryokonserviertes Gewebe und Formalin-fixiertes, Paraffin-eingebettetes Gewebe
  • Veröffentlichung massenspektrometrischer Datensätze in öffentlich zugänglichen Datenbanken


... und vieles mehr!

Weitere Serviceleistungen sowie Anwendungen ermöglichen wir gerne auf Nachfrage.
 

ProtCF hat Zugang zu folgender Instrumentierung:

timsTOF fleX (Bruker), gekoppelt an Evosep One Flüssig-Chromatographie System

Q-Exactive+ Massenspektrometer (Thermo), gekoppelt an Nanofluss-HPLC

ProtCF ist beim Portal für Forschungsinfrastrukturen der DFG (RIsources) registriert.

Team

Professor Oliver Schilling
Head of Proteomics Facility

Telefon +49 761 270 80610
Telefax +49 761 270 81970
oliver.schilling@mol-med.uni-freiburg.de

Dr. rer. nat. Stefan Tholen

Telefon +49 761 270 80190
Telefax +49 761-270 81970
stefan.tholen@uniklinik-freiburg.de

Lina Goncharenko (B. Sc.)

Telefon +49 761 270 80920
Telefax +49 761-270 81970
lina.goncharenko@uniklinik-freiburg.de

Publikationen

2023

  • Tpr Misregulation in Hippocampal Neural Stem Cells in Mouse Models of Alzheimer's Disease
    Malik SC, Lin JD, Ziegler-Waldkirch S, Tholen S, Deshpande SS, Schwabenland M, Schilling O, Vlachos A, Meyer-Luehmann M, Schachtrup C. Cells. 2023 Dec 1;12(23):2757. doi: 10.3390/cells12232757.

  • ROP39 is an Irgb10-specific parasite effector that modulates acute Toxoplasma gondii virulence.
    Singh S, Murillo-León M, Endres NS, Arenas Soto AF, Gómez-Marín JE, Melbert F, Kanneganti TD, Yamamoto M, Campos C, Howard JC, Taylor GA, Steinfeldt T.
    PLoS Pathog. 2023 Jan 5;19(1):e1011003. doi: 10.1371/journal.ppat.1011003. eCollection 2023 Jan.

2022

  • ZBTB18 inhibits SREBP-dependent lipid synthesis by halting CTBPs and LSD1 activity in glioblastoma.
    Ferrarese R, Izzo A, Andrieux G, Lagies S, Bartmuss JP, Masilamani AP, Wasilenko A, Osti D, Faletti S, Schulzki R, Yuan S, Kling E, Ribecco V, Heiland DH, Tholen S, Prinz M, Pelicci G, Kammerer B, Boerries M, Carro MS.
    Life Sci Alliance. 2022 Nov 22;6(1):e202201400. doi: 10.26508/lsa.202201400. Print 2023 Jan.

  • Isolation of intact and active FoF1 ATP synthase using a FLAG-tagged subunit from the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803.
    Song K, Tholen S, Baumgartner D, Schilling O, Hess WR.
    STAR Protoc. 2022 Aug 16;3(3):101623. doi: 10.1016/j.xpro.2022.101623. eCollection 2022 Sep 16.

2021

  • Microbiota-derived acetate enables the metabolic fitness of the brain innate immune system during health and disease.
    Erny D, Dokalis N, Mezö C, Castoldi A, Mossad O, Staszewski O, Frosch M, Villa M, Fuchs V, Mayer A, Neuber J, Sosat J, Tholen S, Schilling O, Vlachos A, Blank T, Gomez de Agüero M, Macpherson AJ, Pearce EJ, Prinz M.
    Cell Metab. 2021 Nov 2;33(11):2260-2276.e7. doi: 10.1016/j.cmet.2021.10.010.

  • Lipidomic and Proteomic Alterations Induced by Even and Odd Medium-Chain Fatty Acids on Fibroblasts of Long-Chain Fatty Acid Oxidation Disorders.
    Alatibi KI, Tholen S, Wehbe Z, Hagenbuchner J, Karall D, Ausserlechner MJ, Schilling O, Grünert SC, Vockley J, Tucci S.
    Int J Mol Sci. 2021 Sep 29;22(19):10556. doi: 10.3390/ijms221910556.