Klinik für Innere Medizin IHämatologie, Onkologie und Stammzelltransplantation

Das Liquid Biopsy Labor entwickelt und etabliert PCR-basierte Testverfahren (digital droplet PCR, ddPCR) zur Untersuchung von Tumor-Mutationen im Blut von Krebspatienten. In der folgenden Übersicht finden Sie die bisher von uns entwickelten Assays, welche in Forschungsprojekten zur Beantwortung wissenschaftlicher Fragestellungen zum Einsatz kommen: Übersicht etablierte ddPCR-Assays

Drei dieser ddPCR-Assays können in unserem Labor angefordert werden:

EGFR T790M: Diese Mutation spielt bei Patienten mit fortgeschrittenem Nichtkleinzelligem Lungenkarzinom (NSCLC) und einer aktivierenden EGFR-Aberration, bei denen es unter Therapie mit einem EGFR Tyrosinkinase-Inhibitor (TKI) zu einem Progress und somit zu einer Resistenz gekommen ist, eine wichtige Rolle.

KRAS Kodon 12/13: Das KRAS-Gen gehört zu den häufig somatisch mutierten Genen in diversen humanen Tumoren (insbes. Kolonkarzinom, Pankreaskarzinom, Lungenkarzinom). Diese somatische Mutationen führen zu einer konstitutiven Aktivierung des KRAS-Proteins und damit des RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweges unter Ausschluss einer Regulation durch EGFR.

BRAF V600E: Die BRAF V600E-Mutation führt zu einer Aktivierung des BRAF-Onkogens und damit zu unkontrolliertem Zellwachstum. Diese Mutation spielt eine wichtige Rolle in unterschiedlichen Krebsarten (insbes. Malignes Melanom, Kolonkarzinom, Schilddrüsenkarzinom, Haarzell-Leukämie oder Lungenkarzinom), wobei zielgerichtete Therapien verfügbar sind (sog. BRAF-Inhibitoren).

Im Folgenden finden Sie Informationen zur Anforderung eines Liquid Biopsy-Tests zur Analyse von EGFR T790M, KRAS Kodon 12/13 und BRAF V600E und eine Anleitung zur korrekten Entnahme von Blut und Verschickung des Materials an unser Labor:

• Anforderungsformular - Mutationsanalyse Liquid Biopsy
• Informationsmaterial - Hinweise zur Blutentnahme und Verschickung
• Anleitung zur Blutentnahme

Die Forschungsaktivitäten des Liquid Biopsy Lab Freiburg umfassen sowohl die Entwicklung und Optimierung modernster Liquid Biopsy-Analyseverfahren (Next-Generation Sequencing [NGS], digital droplet PCR [ddPCR]) als auch deren Anwendung zur translationalen Erforschung verschiedener Krebsbiomarker.

Unsere Forschungsprojekte beinhalten die folgenden Tumor-Entitäten:

• Maligne Melanome
• Nicht-kleinzellige Lungenkarzinome (NSCLC)
• Kolonkarzinome
• Gastrointestinale Stromatumoren (GIST)
• Sarkome [Link Wehrle Lab]
• Primäre Lymphome des zentralen Nervensystems (PCNSL) [Link Scherer Lab]
• Diffuse großzellige B-Zell-Lymphome (DLBCL) [Link Scherer Lab]
• Glioblastome und Lower-grade Gliome (LGG) [Link Scherer Lab]
  
  

Kollaborationen intern:

• Prof. Dr. Dr. Melanie Börries, Insitut für Bioinformatik und System-Medizin
• Prof. Dr. Marco Prinz, Institut für Neuropathologie
• Prof. Dr. Silke Lassmann, Institut für Klinische Pathologie
• Prof. Dr. Dr. Meyer, Klinik für Nuklearmedizin
• Dr. Peter Bronsert, Institut für Klinische Pathologie
• Dr. Frank Meiß, Klinik für Dermatologie und Venerologie
• Dr. Elisabeth Schorb, Klinik für Innere Medizin I
• Dr. Dietmar Pfeifer, Klinik für Innere Medizin I
• Dr. Miguel Waterhouse, Klinik für Innere Medizin I
• Dr. Peter Reinacher, Abteilung Stereotaktische und Funktionelle Neurochirurgie
• Dr. Dieter Hendrik Heiland, Klinik für Neurochirurgie
• PD Dr. Simone Hettmer, Pädiatrische Hämatologie und Onkologie
• Dr. David Braig, Klinik für Plastische und Handchirurgie

Kollaborationen extern:

• Prof. Dr. Nikolas von Bubnoff, Universitätsklinikum Lübeck
• Dr. Ralph Fritsch, Universitätsspital Zürich
• Prof. Dr. Gerald Illerhaus, Klinikum Stuttgart
• PD Dr. Dr. Benjamin Kasenda, Klinikum Stuttgart
• Dr. Lorenz Thurner, Universitätsklinikum des Saarlandes, Homburg/Saar
• Ash A. Alizadeh MD/PhD, Stanford University
• David M. Kurtz MD/PhD, Stanford University
• Henning Stehr PhD, Stanford University

Leitung:

Dr. Florian Scherer, Arzt
E-Mail: florian.scherer@uniklinik-freiburg.de

Dr. Julius Wehrle, Arzt
E-Mail: julius.wehrle@uniklinik-freiburg.de

Frühere Leitung:

Prof. Dr. Nikolas von Bubnoff (Ärztlicher Direktor Universitätsklinikum Lübeck)
E-Mail: Nikolas.vonBubnoff@uksh.de

Mitarbeiter (alphabetisch):

• Maximilian Deuter, cand. med.
• Martina Jolic, MTA
• Felipa Merkel, cand. med.
• Dr. Jan Mitschke, Bioinformatiker
• Ulrike Philipp, MTA
• Dr. Michael Rassner, Arzt
• Silvia Waldeck, PhD-Student

Alumni:

• Jan Braune, cand. med

Kontakt:

Universitätsklinikum Freiburg
Klinik für Innere Medizin I – Liquid Biopsy Labor 

Ulrike Philipp oder Martina Jolic
Hugstetter Straße 55
79106 Freiburg

Telefon: +49 761 270 33850

E-Mail:
ulrike.philipp@uniklinik-freiburg.de
oder
martina.jolic@uniklinik-freiburg.de

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2019

1. Dynamic Risk Profiling Using Serial Tumor Biomarkers for Personalized Outcome Prediction
   CELL
   Kurtz DM*, Esfahani MS*, Scherer F*, Soo J, Jin MC, Liu CL, Newman AM, Dührsen U, Hüttmann A, Casasnovas O, Westin JR, Ritgen M, Böttcher S, Langerak AW, Roschweski M, Wilson WH, Gaidano G, Rossi D, Bahlo J, Hallek M, Tibshirani R, Diehn M, Alizadeh AA
   2019. doi:https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.06.011
2. Circulating cKIT and PDGFRA DNA indicates disease activity in Gastrointestinal Stromal Tumor (GIST) INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
   Jilg S, Rassner M, Maier J, Waldeck S, Kehl V, Follo M, Philipp U, Sauter A, Specht K, Mitschke J, Lange T, Bauer S, Jost PJ, Peschel C, Duyster J, Gaiser T, Hohenberger P, von Bubnoff N
   2019. doi:10.1002/ijc.32282
3. Capturing Tumor Heterogeneity and Clonal Evolution by Circulating Tumor DNA Profiling
   RECENT RESULTS CANCER RES.
   Scherer F
   2020;215:213-230. doi: 10.1007/978-3-030-26439-0_11

2018

1. Circulating Tumor DNA Measurements As Early Outcome Predictors in Diffuse Large B-Cell Lymphoma JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY
   Kurtz DM*, Scherer F*, Jin MC, Soo J, Craig AFM, Esfahani MS, Chabon JJ, Stehr H, Liu CL, Tibshirani R, Maeda LS, Gupta NK, Khodadoust MS, Advani RH, Levy R, Newman AM, Duehrsen U, Huttmann A, Meignan M, Casasnovas RO, Westin JR, Roschewski M, Wilson WH, Gaidano G, Rossi D, Diehn M, Alizadeh AA
   2018. doi: 10.1200/JCO.2018.78.5246
2. Extracellular vesicles or free circulating tumor DNA: where to search for BRAF and cKIT mutations? NANOMEDICINE
   Klump J, Philipp U, Follo M, Eremin A, Lehmann H, Nestel S, von Bubnoff N, Nazarenko I
   2018. doi:10.1016/j.nano.2017.12.009

2017

1. High-throughput sequencing for noninvasive disease detection in hematologic malignancies
   BLOOD
   Scherer F*, Kurtz DM*, Diehn M, Alizadeh AA
   2017. doi:10.1182/blood-2017-03-735639
2. Early Detection of Molecular Residual Disease in Localized Lung Cancer by Circulating Tumor DNA Profiling
   CANCER DISCOVERY
   Chaudhuri AA, Chabon JJ, Lovejoy AF, Newman AM, Stehr H, Azad TD, Khodadoust MS, Esfahani MS, Liu CL, Zhou L, Scherer F, Kurtz DM, Say C, Carter JN, Merriott DJ, Dudley JC, Binkley MS, Modlin L, Padda SK, Gensheimer MF, West RB, Shrager JB, Neal JW, Wakelee HA, Loo BW Jr, Alizadeh AA, Diehn M
   2017. doi: 10.1158/2159-8290.CD-17-0716
3. A specific spectral signature of serum and plasma-derived extracellular vesicles for cancer screening
   NANOMEDICINE
   Krafft C, Wilhelm K, Eremin A, Nestel S, von Bubnoff N, Schultze-Seemann W, Popp J,
   Nazarenko I
   2017. doi:10.1016/j.nano.2016.11.016
4. Liquid Biopsy: Approaches to Dynamic Genotyping in Cancer
   ONCOLOGY RESEARCH AND TREATMENT
   von Bubnoff N
   2017. doi:10.1159/000478864

2016

1. Distinct biological subtypes and patterns of genome evolution in lymphoma revealed by circulating tumor
   DNA SCIENCE TRANSLATIONAL MEDICINE
   Scherer F*, Kurtz DM*, Newman AM*, Stehr H, Craig AF, Esfahani MS, Lovejoy AF, Chabon JJ, Klass DM, Liu CL, Zhou L, Glover C, Visser BC, Poultsides GA, Advani RH, Maeda LS, Gupta NK, Levy R, Ohgami RS, Kunder CA, Diehn M, Alizadeh AA
   2016. doi:10.1126/scitranslmed.aai8545
2. Integrated digital error suppression for improved detection of circulating tumor DNA
   NATURE BIOTECHNOLOGY
   Newman AM*, Lovejoy AF*, Klass DM*, Kurtz DM, Chabon JJ, Scherer F, Stehr H, Liu CL, Bratman SV, Say C, Zhou L, Carter JN, West RB, Sledge GW, Shrager JB, Loo BW Jr, Neal JW, Wakelee HA, Diehn M, Alizadeh AA
   2016. doi:10.1038/nbt.3520
3. Circulating tumor DNA profiling reveals heterogeneity of EGFR inhibitor resistance mechanisms in lung cancer patients
   NATURE COMMUNICATIONS
   Chabon JJ*, Simmons AD*, Lovejoy AF, Esfahani MS, Newman AM, Haringsma HJ, Kurtz DM, Stehr H, Scherer F, Karlovich CA, Harding TC, Durkin KA, Otterson GA, Purcell WT, Camidge DR, Goldman JW, Sequist LV, Piotrowska Z, Wakelee HA, Neal JW, Alizadeh AA, Diehn M
   2016. doi:10.1038/ncomms11815
4. Low Input Whole-Exome Sequencing to Determine the Representation of the Tumor Exome in Circulating DNA of Non-Small Cell Lung Cancer Patients
   PLOS ONE
   Dietz S, Schirmer U, Merce C, von Bubnoff N, Dahl E, Meister M, Muley T,Thomas M, Sultmann H 2016. doi:10.1371/journal.pone.0161012
5. Sensitive and accurate quentification of JAK2 V617F mutation in chronic myeloproliferative neoplasms by droplet digital
   PCR ANNALS OF HEMATOLOGY
   Waterhouse M, Follo M, Pfeifer D, von Bubnoff N, Duyster J, Bertz H, Finke J
   2016. doi:10.1007/s00277-016-2623-0

2015

1. Noninvasive monitoring of diffuse large B-cell lymphoma by immunoglobulin high-throughput sequencing
   BLOOD
   Kurtz DM*, Green MR*, Bratman SV, Scherer F, Liu CL, Kunder CA, Takahashi K, Glover C, Keane C, Kihira S, Visser B, Callahan J, Kong KA, Faham M, Corbelli KS, Miklos D, Advani RH, Levy R, HIcks RJ, Hertzberg M, Ohgami RS, Gandhi MK, Diehn M, Alizadeh AA
   2015. doi:10.1182/blood-2015-03-635169

2013

1. Detection of mutant free circulating tumor DNA in the plasma of patients with gastrointestinal stromal tumor harboring activating mutations of CKIT or PDGFRA
   CLINICAL CANCER RESEARCH
   Maier J, Lange T, Kerle I, Specht K, Bruegel M, Wickenhauser C, Jost P, Niederwieser D, Peschel C, Duyster J, von Bubnoff N
   2013. doi:10.1158/1078-0432.CCR-13-0765